A seleção das castas que sustentam a produção vinícola da Fundação resulta da combinação entre a vasta experiência adquirida e a informação científica de que hoje se dispõe. A escolha das castas alentejanas consagradas e recomendadas para a Denominação de Origem Controlada Alentejo, sub-região de Évora, tem sido fundamental na criação dos vinhos. Nos vinhos brancos são usadas sobretudo castas alentejanas reconhecidas como a Roupeiro, a Antão Vaz e a Arinto, enquanto os vinhos tintos são obtidos a partir de castas tradicionais, como a Trincadeira, a Aragonês e a Castelão. Em parte residual usam-se também castas menos tradicionais mas igualmente qualitativas.
Cada parcela de vinha é tratada e trabalhada individualmente ao longo do ano de acordo com a idade, a casta ou as características do solo, sempre tendo em vista o vinho específico a que se destina. A colheita da uva é feita maioritariamente em vindima manual diurna e, numa pequena quantidade de uva, é usada uma máquina de vindimar. A colheita diferenciada de cada casta, em função das suas necessidades de maturação é também um dos critérios que permite otimizar a produção. Em nome da preservação ambiental, é feita uma vigilância mais cuidadosa e sistemática da saúde de cada planta.
A Fundação Eugénio de Almeida apoia-se também na comunidade científica. Através de protocolos estabelecidos com a Universidade de Évora e outras instituições, tem sido possível a realização de um trabalho de parceria técnico-científica de relevo, cujo início remonta a meados dos anos 80 do século passado.